加工中心编程清零的方法有以下几种：
进入调试界面，按“MEM”键选定计数器功能，然后选择要清零的计数器（如T1），长按计数器的功能键直到计数器归零，最后退出调试界面。
经过一次加工后，进入“PROG”菜单，按下“INFORMATION”键直到显示上一个程序完成后加工件数的记录，选择需要清零的零件数量的回零键，确认清零操作后退出菜单。
在程序界面中，按下“Reset”按钮，即可清零加工件数。
在手动界面中，按下“Zero Return”按钮，即可回零并清零加工件数。
在MDI界面中，输入G92.1指令，即可清零加工件数。
在MDI界面中，输入M98P*L0指令，其中 *为程序号，即可清零加工件数。
在POS位置界面，先按下"T"，再按"CAN"取消键即可清零加工件数；按两次"T"，再按"CAN"取消键即可清零切削时间。
通过修改系统参数来清零，例如在FANUC系统中，先在MDI方式下修改参数写入"1"，最后修改参数即可。
建议根据具体的机床型号和系统选择合适的清零方法，以确保清零操作的准确性和有效性。