发函的程序根据不同的用途和场景有所差异，但大体上可以总结如下：
确定发函目的和主体
明确发函的原因和目的，确定由哪个部门或个人负责发函。
确定函件接收的对象，包括单位或个人。
起草和审批
由发函部门拟定函件草稿，报请相关领导批准。
草稿经批准后，由办公室以单位名义编制红头文件，并进行格式和文件编号等处理。
打印正式文件并连同草稿交分管领导复核，确认无误后盖章发出。
准备和审查资料
根据发函内容，准备相关的审查资料，如增值税专用发票、出库单、合同等。
国税局在收到函调后会要求厂家自查并提供相关资料，然后进行审查并复函。
发送和存档
将函件扫描成电子版并发送，同时保留纸质盖章及草稿存档。
办公室进行公章使用登记和纸质及电子档存档。
后续跟进
若对方未在规定时间内回复，可要求发函税务局核实未回复原因，最长延期期限为3个月。
关注企业发函一次一般一年之内不会再发第二次，次年再发。
注意事项：
明确性和清晰性：函件内容应简洁明了，避免冗长和不清晰。
签字和盖章：个人签名和单位盖章是必不可少的，特别是企业发函时，需要法定代表人或授权代表签字并盖章。
备份和存档：函件发送后，需保留备份和存档，以便后续查询和跟进。
这些程序适用于不同场景下的发函，具体细节可能因实际情况有所调整。