根据《中华人民共和国著作权法》第五十四条的规定，软件作为著作权保护的客体，侵权人应当按照以下方式赔偿权利人的损失：
按照实际损失赔偿
侵权人应当赔偿权利人因侵权行为所受到的实际损失。实际损失是指权利人为制止侵权行为所支付的合理开支以及因侵权行为导致的权利人财产减少的数额。
按照违法所得赔偿
如果权利人的实际损失难以计算，可以按照侵权人的违法所得给予赔偿。违法所得是指侵权人通过侵权行为所获得的收入。
参照权利使用费赔偿
当权利人的实际损失或侵权人的违法所得难以计算时，可以参照该权利使用费给予赔偿。权利使用费是指权利人因使用其作品而应当支付的费用。
惩罚性赔偿
对于故意侵犯著作权或者与著作权有关的权利，情节严重的，可以在按照上述方法确定数额的一倍以上五倍以下给予赔偿。
法院裁量
如果权利人的实际损失、侵权人的违法所得、权利使用费都难以计算，由人民法院根据侵权行为的情节，判决给予五百元以上五百万元以下的赔偿。赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。
提供账簿、资料等
人民法院为确定赔偿数额，在权利人已经尽了必要举证责任，而与侵权行为相关的账簿、资料等主要由侵权人掌握的，可以责令侵权人提供与侵权行为相关的账簿、资料等；侵权人不提供，或者提供虚假的账簿、资料等的，人民法院可以参考权利人的主张和提供的证据确定赔偿数额。
销毁侵权复制品和相关物品
人民法院审理著作权纠纷案件，应权利人请求，对侵权复制品，除特殊情况外，责令销毁；对主要用于制造侵权复制品的材料、工具、设备等，责令销毁，且不予补偿；或者在特殊情况下，责令禁止前述材料、工具、设备等进入商业渠道，且不予补偿。
建议权利人在发现侵权行为时，及时收集相关证据，并咨询专业律师，以便更有效地维护自身权益。