西门子系统手工编程反镗孔的方法如下：
确定基本参数
首先，需要确定反镗孔的基本参数，包括孔的深度、直径、加工速度等。
编制子程序
由于反镗孔工艺中，各个孔的加工动作指令完全一样，仅坐标位置不同，因此可以采用调用子程序的方法。将相同的加工动作指令编制成子程序，在加工每一个孔时，在主程序中调用该子程序。
主程序调用子程序
在主程序中，使用调用子程序的指令（如CALL）来执行子程序，每次加工不同孔时，只需修改子程序中的坐标参数即可。
坐标系选择
可以选择工件坐标系（WCS），以零件图上的某个孔中心及某个方向平面为基准，采用绝对方式编程。
示例程序
```gcode
； 主程序
G91 ； 绝对坐标系
G28 ； 返回机床原点
Y0 ； Y轴移动到起始位置
Z0 ； Z轴移动到起始位置
CALL； 调用子程序
...
； 子程序（假设子程序名为SUB_DRILL）
G90 ； 绝对坐标系
G01 ； 线性插补
G94 ； 每分钟进给
... ； 其他加工动作指令
```
注意事项
在编制程序时，需要确保所有参数设置正确，特别是坐标系和子程序的调用方式。
在实际加工前，建议进行模拟加工，以验证程序的正确性。
通过以上步骤，可以实现西门子系统中反镗孔的编程。