企业跨省合并程序主要包括以下几个步骤：
董事会提出合并方案
由合并各方公司的董事会分别制定合并方案，明确合并的原因、目的、合并后各股东的权益、合并后公司章程和财产及债务承继等问题。
股东会作出特别决议
合并方案需提交给各公司的股东会或股东大会，并获得代表三分之二以上表决权的股东通过。
报经有关部门批准
根据合并公司的类型（如股份有限公司、外商投资公司、商业银行、保险公司等），可能需要获得相关部门的批准。其他有限责任公司合并一般无须政府部门审批。
签订合并协议
合并各方应签订合并协议，明确合并的具体条款和条件，包括合并后的公司名称、注册资本、股东权益分配等。
编制资产负债表和财产清单
合并各方应编制各自的资产负债表和财产清单，并备置于公司供债权人查阅。
通知和公告债权人
合并各方应在作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人有权在接到通知书之日起三十日内，或未接到通知书的自公告之日起四十五日内，要求公司清偿债务或提供相应的担保。
移交资产、召开股东会、修改章程或新设章程
合并各方应移交资产，召开股东会讨论合并事宜，并根据合并结果修改公司章程或新设公司章程。
办理工商登记手续
合并后，消灭的公司应办理注销登记，存续的公司办理变更登记，新设的公司办理设立登记。
处理合并中的法律问题
在合并过程中，应关注可能出现的法律问题，如对方可能隐瞒的重大债务，并进行充分的尽职调查。
这些步骤应严格遵循《公司法》及相关法律法规的规定，确保合并过程的合法性和有效性。建议在合并过程中咨询专业律师，以处理可能出现的法律问题。