《让子弹飞》是一部充满隐喻和象征意义的电影，以下是一些被广泛讨论的隐藏剧情和隐喻：
师爷的真实身份
在影片的结尾，张麻子看着老三等人坐着火车去上海，而在列车的后面，却惊现“师爷”，后经确认这个“师爷”是周润发演的，也就是说他是黄四郎，只不过是穿着师爷开场时的衣服出来的。
师爷临死前的秘密
师爷临死前对张麻子说他有两件事告诉他，但一件都还没来得及说就一命呜呼了。而这第一件事情是老二是他害死的；第二件事是花姐是卧底，而且他喜欢花姐。
花姐的角色
在老三、老四和黄四郎对持的时候，花姐将两颗宝石奉还给黄四郎，意思就是说老三和老四我都已经搞定了，但老二我没法搞定（因为老二是gay）。
在影片结束时，张麻子看着老三等人坐着火车去上海，而在列车的后面观望，却看见了“师爷”，后面确认这个“师爷”就是黄四郎真身，只不过是穿着师爷的衣服出场。
老二的死
在老三、老四、老七和花姐与黄四郎道别去浦东时，发生了这么一段对话“老二啊老二”“我是老三”其实这时候张麻子想说的是“老二啊老二，你死的好惨啊”。
张麻子的队伍中除了老二和老六都被黄四郎收买了，这也是他们两个死掉的原因。
隐喻和象征
电影的开头，马邦德去康城赴任所做的是马拉列车，然后被张麻子轻易的打翻车了，隐喻马列主义翻车。
张麻子刚来到俄城时，黄四郎真身未到，送一个帽子来迎接，这个帽子的意思就是请你上酒桌喝酒，即官场现象。
张麻子进攻黄四朗碉堡时，只有五十只鹅跟了过来，这些鸭子指的就是现在那些盲目追星的脑残粉。
其他隐藏剧情
绑架豪绅和黄四郎（替身）的时候老三带的九筒面罩，张麻子说“你装模作样的戴我的九筒干什么”说着给了他一脚。最后从滑索离开的时候老三喊到“三天之内，钱不到就撕票!记着，我是九筒!” 在“打倒黄四郎”之后，老三带头跑路。张牧之只能干巴巴的问一句“不跟我回山里了？” 老三则说“还想回山里？您腿脚都不利索了”。
这些隐藏剧情和隐喻为影片增添了丰富的内涵和深度，使得《让子弹飞》不仅仅是一部简单的西部风格电影，而是一部充满思考和讽刺的艺术作品。