天猫旗舰店和专营店的主要区别体现在以下几个方面：
定义上的区别
天猫旗舰店：商家以自有品牌（商标为R或TM状态）入驻天猫开设的店铺，称为该品牌的“官方旗舰店”。
天猫专营店：经营天猫同一招商大类两个及以上品牌商品的店铺，称为“专营店”。
经营主体上的区别
天猫旗舰店：可以经营同一品牌、同一个一级类目下的所有产品，或者是经营多个自有品牌商品且各品牌归于同一实际控制人。
天猫专营店：则可以经营两个以上他人品牌商品，也可以即经营他人品牌商品又经营自有品牌商品，还可以经营两个及以上自有品牌商品。
品牌资质上的区别
天猫旗舰店：需要国家商标总局颁发的商标注册证或商标受理通知书，即要注册商标。
天猫专营店：经营自有品牌需要提供国家商标总局颁发的商标注册证或商标受理通知书，经营他人品牌需要提供具有完整的授权书（即商家提供的授权书要可以逐级逆推回品牌商那里）。
经营范围上的区别
天猫旗舰店：同一品牌、同一个一级类目下的所有产品。
天猫专营店：没有明确规定，可以经营两个及以上他人品牌商品，也可以即经营他人品牌商品又经营自有品牌商品，还可以经营两个及以上自有品牌商品。
保证金上的区别
天猫旗舰店：持注册商标的店铺保证金为人民币5万元，持商标注册受理通知书的店铺保证金为人民币10万元。
天猫专营店：持注册商标的店铺保证金为人民币10万元，持商标注册受理通知书的店铺保证金为人民币15万元。
其他区别
天猫旗舰店：通常商标有R或者TM标，商家以自有品牌或其他授权入驻开设的店铺，具有品牌意义，可信度较高。
天猫专营店：由于只是通过了授权，可信度也很高，但没有专卖店和旗舰店的可信度高。
总结：
天猫旗舰店和专营店在定义、经营主体、品牌资质、经营范围、保证金等方面都有明显的区别。旗舰店以自有品牌入驻，可以经营一个或多个自有品牌商品，需要提供商标注册证或受理通知书，且保证金较高，可信度最高。专营店则可以经营多个品牌商品，包括自有品牌和他人品牌，需要提供相应的授权书，保证金较旗舰店低，可信度略低于旗舰店。