免税农产品发票的抵扣问题主要涉及以下几个方面：
发票类型
企业采购农产品：可以凭农业生产者开具的普通发票或企业自行开具的农产品收购发票进行进项税额抵扣。
个人自产自销农产品：代开的免税农产品发票可以抵扣9%的进项税额。
批发零售农产品：无论是企业自开的农副产品收购发票还是税务局代开的免税农产品销售发票，均不可以抵扣进项税额。
抵扣政策
一般纳税人：
从农业生产者处取得的免税普通发票，可以按照农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
如果购进农产品用于生产销售或委托加工13%税率货物，还可以加计抵扣1%，即按10%计算抵扣。
从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，可以按9%的扣除率计算进项税额。
小规模纳税人：
自产自销的农产品免税普通发票可以抵扣9%的进项税额。
批发零售的农产品免税普通发票不可以抵扣进项税额。
特殊情况
承担国家粮食收储任务的国有粮食购销企业：购买粮食、大豆等免税农产品，可以申请开具增值税专用发票。
流通环节：从批发、零售环节购进的适用免征增值税政策的蔬菜、部分鲜活肉蛋而取得的普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。
建议：
企业在采购农产品时，应确保发票类型符合抵扣要求，并严格审查发票内容，以充分利用免税政策进行进项税额抵扣。
对于个人自产自销的农产品，代开的免税农产品发票可以用于抵扣进项税额，企业应妥善保存相关凭证。
在处理批发零售环节的农产品时，企业应注意发票类型，避免将不符合抵扣要求的免税发票用于进项税额计算。