土地增值税的计算过程可以分为以下几个步骤：
计算增值额
增值额 = 转让房地产收入总额 - 扣除项目金额。
扣除项目金额包括：取得土地使用权所支付的金额、开发成本、补偿费用等。
计算增值率
增值率 = 增值额 ÷ 扣除项目金额 × 100%。
确定适用税率和速算扣除系数
根据增值率确定适用税率和速算扣除系数，具体如下：
增值率未超过50%的，适用税率为30%，速算扣除系数为0。
增值率超过50%，未超过100%的，适用税率为40%，速算扣除系数为5%。
增值率超过100%，未超过200%的，适用税率为50%，速算扣除系数为15%。
增值率超过200%的，适用税率为60%，速算扣除系数为35%。
计算土地增值税
土地增值税 = 增值额 × 适用税率 - 扣除项目金额 × 速算扣除系数。
示例计算
假设某房地产开发公司出售一幢写字楼，取得收入10000万元，土地取得成本为3000万元，其他相关费用为200万元。
计算增值额
增值额 = 10000万元 - 3000万元 - 200万元 = 6800万元。
计算增值率
增值率 = 6800万元 ÷ 3000万元 × 100% = 226.67%。
确定适用税率和速算扣除系数
增值率超过200%，适用税率为60%，速算扣除系数为35%。
计算土地增值税
土地增值税 = 6800万元 × 60% - 3000万元 × 35% = 4080万元 - 1050万元 = 3030万元。
因此，该房地产开发公司应纳土地增值税为3030万元。
建议
在实际操作中，建议详细列出所有扣除项目，确保数据的准确性和完整性，以便正确计算增值额和土地增值税。同时，注意根据具体的增值率选择合适的税率和速算扣除系数，以确保计算的准确性。