房地产公司土地增值税的计算方式主要有以下几种：
分步计算法
按照每一级距的土地增值额乘以该级距相应的税率，分别计算各级次土地增值税税额，然后将其相加汇总，求得应纳税额。
速算扣除法
按照增值额乘以适用税率，减去扣除项目金额乘以速算扣除系数的简便方法计算应纳税额。具体计算公式如下：
增值额未超过扣除项目金额50%的：土地增值税税额=增值额*30%
增值额超过扣除项目金额50%，未超过100%的：土地增值税税额=增值额*40%-扣除项目金额*5%
超率累进税率法
增值额未超过扣除项目金额50%的部分，税率为30%，速算扣除数为0；
增值额超过扣除项目金额50%，未超过100%的部分，税率为40%，速算扣除数为5%；
增值额超过扣除项目金额100%，未超过200%的部分，税率为50%，速算扣除数为15%；
增值额超过扣除项目金额200%的部分，税率为60%，速算扣除数为35%
预交后清算法
房地产企业土地增值税一般是采取先预交后清算的方式进行的，预征率在2%-4%，具体每个地方不一样。先计算可以扣除项目金额（包括土地成本、建造成本、税金、开发费用及利息、加计扣除等），计算收入，收入减扣除项目金额=增值额，增值额/扣除项目金额=增值率，按税率计算税额
建议
选择合适的计算方法：根据具体情况和地方政策选择合适的计算方法，确保计算的准确性和合规性。
注意扣除项目：在计算过程中，注意各项扣除项目的金额，包括土地成本、建造成本、税金、开发费用及利息、加计扣除等，确保扣除项目金额准确无误。
了解税率和速算扣除系数：熟悉土地增值税的税率和速算扣除系数，以便在计算过程中能够快速准确地应用。