二类医疗器械经营许可证已经改为备案制，不再需要办理经营许可证。具体办理流程如下：
注册企业
到工商局办理营业执照，注册为企业，可以是法人企业、非法人企业、个人独资企业、合伙制企业等，个体工商户不可以办理备案凭证。
办理组织机构代码证
到质监局办理组织机构代码证。
网上申报
到国家食品药品监督管理总局网站用组织机构代码注册一个帐号，进行网上申报。
提交纸质材料
网上申报受理后，企业需要按要求提供纸质材料到政务大厅申报，经现场验收合格后，发放备案凭证。
备案注意事项
申请前需了解相关法规政策和技术标准，确保企业符合申请条件。
整理申请材料时需认真核对，确保材料完整准确。
通过以上步骤，企业即可完成二类医疗器械的经营备案，合法合规地开展业务。建议企业在办理过程中，与当地的药监部门保持密切沟通，确保流程符合最新的法规要求。