在MATLAB中，可以使用以下方法对软件进行加密：
使用pcode函数
`pcode`函数可以将MATLAB代码编译为P-Code形式，生成一个以`.p`为扩展名的文件。P-Code是一种中间代码，使其难以阅读和修改。加密后的代码只能通过使用`run`函数运行。
生成独立应用程序
使用MATLAB Compiler将源代码文件生成独立应用程序（.exe），然后将.exe分发给其他人。这种方式生成的应用程序具有较高的安全性，因为用户无法直接查看或修改源代码。
图像加密
如果软件包含图像处理部分，可以使用MATLAB的加密函数对图像进行加密。例如，可以使用`imread`函数读取图像，然后应用加密算法（如DES、AES等）对图像进行加密，最后将加密后的图像保存到磁盘上。
建议
选择合适的加密方法：根据软件的需求和安全性要求，选择合适的加密方法。如果需要保护核心算法，建议使用生成独立应用程序的方法。如果只是对代码进行简单保护，可以使用pcode函数或图像加密。
密钥管理：无论使用哪种加密方法，都需要妥善管理密钥。对于pcode加密，密钥需要安全地存储和传输。对于独立应用程序，可能需要额外的机制来保护许可证密钥。
测试加密效果：在发布软件之前，务必对加密效果进行充分测试，确保加密后的软件在功能上不受影响，并且加密强度足够。
通过以上方法，可以有效地对MATLAB编译的软件进行加密，保护核心算法和源代码的安全性。