软件著作权登记申请流程如下：
填写申请表
在中国版权保护中心网站上进行用户注册，并登录。
在线按要求填写计算机软件著作权登记申请表，并确认、提交。
打印填写好的申请表，并盖章或签字。
准备材料
软件源程序代码：A4纸打印，单面，前、后各连续30页，共60页（不足60页全部提交）。第60页为模块结束页，每页不少于50行（结果页除外），在每页的左侧留出装订线，右上角打印或标注页号1—60。
软件用户手册、操作手册、设计说明书、使用说明书等任选一种。
申请人或代理人的身份证明。
联系人身份证明和相关的证明文件。
提交申请文件
将填写好的申请表和准备好的材料提交给中国版权保护中心。
缴纳申请费
申请文件符合受理要求时，软件登记机构发出缴费通知，申请人或代理人按照通知要求缴纳费用。
登记机构受理申请
申请文件符合受理要求并缴纳申请费的，登记机构在规定的期限内予以受理，并向申请人或代理人发出受理通知书及缴费票据。
审查
国家版权中心依法进行六十天的审查。
对符合规定的，予以登记，发给相应的登记证书，并予以公告。
领取登记证书
如到登记受理大厅领取证书，应当在受理之日起30个工作日后，持受理通知书原件领取证书。如需邮递的，请在申请表中填写正确的联系地址。
建议：
确保所有材料齐全且符合要求，以避免补正程序影响申请进度。
缴纳申请费后，留意受理通知书上的领取时间和方式，确保及时领取登记证书。