软件协议报文的真假可以通过以下方法进行鉴别：
主体资格
审查签订协议的主体是否具有相应的民事行为能力，如企业、组织或个人是否在相关法律法规中注册并获得有效资质。
合同形式
确认合同的形式是否符合法律规定，如手写合同与打印合同的区别，并注意合同上的签字、印章等是否真实有效。
合同内容
仔细审查协议条款是否合理，权利义务是否对等，是否存在消除一方责任、加重另一方责任或不合理要求的情况。
订立手段
使用数字签名技术对报文进行鉴别，确保报文的来源和完整性。数字签名是使用发送者的私钥对报文进行加密的过程，可以确保报文的真实性和未被篡改。
利用密码散列函数和报文鉴别码来验证报文的完整性，确保报文在传输过程中没有被篡改。
其他辅助手段
查看协议的骑缝章是否完好，公章是否经过公安局备案，以及要求对方提供履约能力的证据材料等，以进一步确认协议的真实性。
通过上述方法，可以较为全面地判断软件协议报文的真假。建议在签订重要协议时，尽量采用书面形式，并使用数字签名等先进技术进行保障，以降低风险。