软件登记证书的换发流程如下：
账号注册与实名认证
进入中心官网进行账号注册，注册成功后需进行实名认证。
填报提交
实名认证通过后，选择R45补发或者换发软件登记证书申请业务，在线填报并上传申请材料，确认无误后提交申请。
身份证明文件
需要提交申请人的身份证明文件，如企业法人营业执照复印件或身份证复印件等。如果身份证明文件是外文的，还需提交经有翻译资质的单位翻译并加盖翻译单位公章的中文译本原件。
原软件登记证书
换发以及增发副本时，需要上传原软件登记证书或证明原件的照片或扫描件。
缴纳证书费
根据计算机软件著作权登记收费标准缴纳相应的证书费，每件50元。
办理时限
在受理之日起5个工作日内完成办理。
法律依据
申请补发或换发软件登记证书的法律依据为《中华人民共和国著作权法》的相关规定。
总结：
软件登记证书的换发需要先进行账号注册和实名认证，然后在线填报并提交相关申请材料，包括身份证明文件、原软件登记证书等，并缴纳相应的证书费。整个办理流程在5个工作日内完成。