反诉软件正版化是一个涉及法律和技术层面的复杂过程，以下是一些建议的步骤：
摆正心态，进行初步核查
不要因恐慌或惧怕而急于应对，而是应当首先对相关材料中的主体、事实进行核查。
确定是否真实存在使用某些软件的情况，是员工个人电脑还是公司公共电脑使用，以及使用人数和软件来源等问题。
根据不同情况采取不同措施
如果不存在误装：
对相关软件进行删除，不再使用，并忽略相关指控材料。
如果存在使用侵权：
立即停止使用这些软件。
核查软件的使用是否具有合法来源，以及使用数量是否构成侵权。
评估是否必须使用这些软件，是否有替代方案，以及若必须使用，需求量有多大。
考虑是否可以分段分时使用，或将某些职能集中到一人或几人身上以节省成本。
委托代表与软件公司或授权人洽谈正版软件采购
在明确上述情况的基础上，可以委托代表与软件公司或其授权人进行正版软件的采购洽谈。
在采购过程中，要确保采购的正版软件符合相关法律法规的要求，并避免进一步的法律风险。
全面核查其他软件的违规情况
在完成上述采购后，应对公司内部是否存在其他软件的违规使用情况进行全面核查。
按照前述流程对软件使用进行正版化处理，避免进入索赔的诉讼程序。
寻求专业法律建议
在整个过程中，建议寻求专业的法律建议，以确保公司的权益得到最大程度的保护。
法律顾问可以帮助公司了解相关法律法规，评估侵权风险，并提供专业的应对策略。
通过以上步骤，公司可以更加有序地处理软件正版化的问题，避免因侵权而面临的法律和经济损失。