在Windows系统中设置软件启动目录的方法如下：
通过Windows+R快捷键打开启动文件夹
按下 `Windows + R` 组合键，在运行对话框中输入 `shell:startup` 并按回车键。这将打开当前用户的启动文件夹。如果需要打开所有用户的启动文件夹，可以使用 `shell:Common Startup`。
通过文件资源管理器访问启动文件夹
在文件资源管理器中，导航到以下路径：
对于当前用户：`C:\Users\[用户名]\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup`
对于所有用户：`C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup`
通过系统命令打开启动文件夹
在命令提示符或PowerShell中，输入以下命令：
`cd %programdata%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup`
然后将需要启动的程序的快捷方式或可执行文件（.exe）复制到该文件夹中。
通过软件设置指定启动目录
打开需要设置启动目录的软件，找到设置选项，选择“启动目录”或“工作目录”，并输入或选择所需的文件夹路径。这种方法设置的启动目录在关闭软件后会失效。
建议
对于所有用户：建议将程序快捷方式放置在 `C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup` 文件夹中，以确保所有登录用户都能在开机时自动启动该程序。
对于当前用户：可以将程序快捷方式放置在 `C:\Users\[用户名]\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup` 文件夹中，这样只有当前登录用户会在开机时自动启动该程序。
通过以上方法，你可以轻松设置软件的启动目录，确保软件在开机时自动运行。