小公司发工资的程序通常包括以下几个步骤：
准备工资发放前的所有信息
HR经理需要核对和收集员工上个月的出勤记录、增减项，并确定本月工资结构，以确定每个员工应付的工资数额。
计算员工实际应发工资总金额
HR经理需要计算出员工实际应发的总金额，根据公司的工资政策和本月应发的工资结构，对员工应发的工资进行计算。
下达支付指令
HR经理需要下达支付指令，将员工应发的总金额发放到公司指定的账户中，并且确保每个员工应发的正确金额发放到正确的账户中。
发放工资
HR经理需要核实工资发放的准确性，然后完成发放工资的流程，确保员工能顺利收到正确的工资。
财务部门核算与准备
财务部门会根据人力资源部门提供的数据，进行工资的计算和扣除，包括社保、公积金、个人所得税等项目。计算完成后，财务部门会准备好工资发放的相关文件和数据。
工资发放与记录保存
在约定的发薪日期，公司会通过银行转账等方式将工资发放到员工的工资卡中。有些公司可能会先打印出工资条，让员工确认工资信息无误后再进行发放。公司会保留相关的工资发放记录，以备日后查询和审计之用。
银行代发工资
公司可以选择通过银行代发工资，流程包括向银行提出申请、签订代发协议、提交员工银行卡信息、银行发放工资等步骤。银行代发工资可以提高效率和准确性，确保工资及时准确地发放到员工手中。
建议小公司在发工资时，选择可靠的银行代发服务，确保流程的规范性和安全性，同时保留好相关记录，以便于后续管理和查询。