新车刷程序存在以下危害：
影响发动机使用寿命：
刷ECU后，发动机工作在超频状态，这会加速发动机部件的磨损，从而缩短发动机的使用寿命。如果不刷ECU，车辆原本能开15年，但刷了之后可能只能开10年。
增加油耗：
刷程序后，发动机需要更高品质的燃油和更精确的温度控制，这会导致油耗增加。
影响质保：
刷ECU后，车辆的保修服务可能会自动作废。4S店通常不会为刷过程序的车辆提供质保服务，这意味着一旦出现问题，车主可能需要自行承担高昂的维修费用。
年检困难：
刷ECU的车辆在年检时可能会遇到困难，需要额外花钱才能通过。
降低保值率：
刷程序可能会影响车辆的保值率，因为车辆的整体性能和稳定性可能会有所下降。
其他潜在问题：
刷ECU还可能导致车辆其他部件的老化，增加故障率，甚至可能引发严重的安全问题，如变速器爆档、变速器爆裂、半轴被切断等。
综上所述，虽然刷程序可能在短期内带来性能上的提升，但从长远来看，其潜在的危害和风险是不可忽视的。车主在考虑刷程序时，应权衡这些影响，确保在追求性能提升的同时，不会对汽车的正常运行和使用寿命造成不可逆的损害。如果确实需要刷程序，建议找专业可靠的店进行操作，并确保车辆在保修期内得到妥善处理。