旗舰手机与主板在设计和制造上有显著的不同，主要体现在以下几个方面：
成本占比：
屏幕总成和主板占了一台手机90%的成本，其中主板占了80%以上的成本。这表明主板在手机整体成本中占有极大比重，因此旗舰手机在主板上的投入更高。
硬件配置：
旗舰手机的主板包含了处理器（CPU）、硬盘（ROM）、内存条（RAM）、基带、Wifi模块、音频模块以及各种电阻和电路等关键组件。这些组件的性能直接决定了手机的性能和功能。旗舰手机为了提供更好的用户体验，通常会选择更高性能、更高规格的硬件配置，这些都需要通过高品质的主板来支持。
设计和制造：
旗舰手机的外观材质、制造工艺和材质都是最高规格的。主板作为手机中最为复杂和关键的部件之一，其设计和制造也需要更高的精度和更好的材质。例如，为了确保电流通过性稳定且高效，旗舰手机的主板会使用杂质更少、更纯的铜等材料。
功能差异：
旗舰机型比非旗舰机型拥有更多的看得见和看不见的功能，零件的布局和连接方式也更为复杂。这些都需要通过更高品质的主板来实现，以确保整机的稳定性和性能。
综上所述，旗舰手机的主板在成本、硬件配置、设计和制造以及功能方面都优于非旗舰手机的主板。因此，从整体性能和用户体验的角度来看，旗舰手机的主板更好。
建议：如果预算允许，选择旗舰手机可以获得更全面的性能和更好的使用体验。如果对手机性能有较高要求，但预算有限，可以考虑选择高端主板来提升手机的整体性能。